ฮุน เซน ประธานวุฒิสภาของกัมพูชาโพสต์รำลึกล่วงหน้าถึงวันที่ 20 มิถุนายน ซึ่งเป็นวันที่สื่อกัมพูช่าระบุว่า "นายกรัฐมนตรีเริ่มอุทิศชีวิตเพื่อการต่อสู้เพื่อปลดปล่อยชาติและปลดปล่อยประชาชนจากระบอบการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ของ พล พต"
ฮุน เซน โพสต์บนโซเชียลมีเดียเมื่อวันที่ 19 มิถุนายนว่า “ผมเสียใจมากจนไม่รู้จะหาคำไหนมาบรรยายความรู้สึกนี้ แม้จะผ่านมาแล้ว 48 ปี แต่น้ำตาผมยังคงไหลออกมาทุกครั้งที่นึกถึง แม้ตอนที่ผมพิมพ์บทความนี้ น้ำตาผมก็ยังคงไหลลงมา น้ำตาผมคงจะหยุดไหลก็ต่อเมื่อผมจากโลกนี้ไปแล้ว”
ทั้งนี้ ฮุน เซน เคยเป็นสมาชิกเขมรแดงมาก่อน ย้อนกลับไปเมื่อ ลน นล ขับไล่นโรดม สีหนุ ออกจากอำนาจในปี 2513 ฮุน เซน ก็ละทิ้งการศึกษาเพื่อเข้าร่วมเขมรแดงตามคำเรียกร้องของสีหนุที่จะเข้าร่วมกลุ่มต่อต้าน ลน นล ในเวลาต่อมา ฮุน เซนยังอ้างว่าเขาได้รับแรงบันดาลใจให้ต่อสู้กับการแทรกแซงจากต่างชาติเมื่อบ้านเกิดของเขาที่เมมตถูกเครื่องบินของสหรัฐฯ ทิ้งระเบิด ฮุน เซนอ้างว่าเขาไม่มีความคิดเห็นทางการเมืองหรืออุดมการณ์ใดๆ ในเวลานั้น
ต่อมา ฮุน เซน ได้เลื่อนยศเป็นทหารอย่างรวดเร็วในกองกำลังเขมรแดง และได้ต่อสู้ในช่วงที่กรุงพนมเปญแตก หลังจากเขมรแดงต่อตั้งประเทศใหม่ คือ "กัมพูชาประชาธิปไตย" เซนทำหน้าที่เป็นผู้บังคับกองพันในภาคตะวันออก โดยมีอำนาจเหนือทหารประมาณ 2,000 นาย
อย่างไรก็ตาม ความเกี่ยวข้องหรือบทบาทของเซนในการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์กัมพูชาไม่ชัดเจน แม้ว่าเขาจะปฏิเสธว่าไม่ได้มีส่วนรู้เห็น แต่องค์กร Human Rights Watch ระบุว่าเขาอาจมีส่วนเกี่ยวข้องในการสังหารหมู่เพื่อปราบปรามความไม่สงบของชาวมุสลิมเชื้อสายจามในเดือนกันยายนถึงตุลาคม 1975 แต่ ฮุน เซน ปฏิเสธ โดยอ้างว่าเขาหยุดปฏิบัติตามคำสั่งของรัฐบาลกลางแล้ว นอกจากนี้ ฮุน เซน ยังอ้างว่าเขามีความขัดแย้งกับทางการเขมรแดงมากขึ้นเรื่อยๆ ในรัฐบาลตลอดช่วงปี 1975–1977
ในปี 1977 ในช่วงที่รัฐบาลเขมรแดงกวาดล้างภายในขบวนการกันเอง ฮุน เซน และสมาชิกกองพันของเขาได้หลบหนีไปยังเวียดนาม ในช่วงสงครามกัมพูชา-เวียดนาม ขณะที่เวียดนามเตรียมที่จะรุกรานกัมพูชา ฮุน เซน ได้กลายเป็นผู้นำคนหนึ่งของกองทัพกบฏที่เวียดนามให้การสนับสนุน เขาได้รับชื่อลับว่า ไม ฟุก จากผู้นำเวียดนาม
ภายหลังความพ่ายแพ้ของระบอบเขมรแดงต่อกองทัพเวียดนาม ฮุน เซน ได้รับแต่งตั้งเป็นรองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีต่างประเทศของสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชา/รัฐกัมพูชา (PRK/SOC) ที่เวียดนามสถาปนาขึ้นในปี 1979 ขณะอายุได้ 26 ปี ซึ่งนี่เป็นการเริ่มต้นเส้นทางการเป็นผู้นำประเทศของ ฮุน เซน มาจนถึงทุกวันนี้
